Für Heilpraktiker gelten die gleichen Pflichten zum Schutze des Patienten, wie z. B. die Aufklärungs- oder Sorgfaltspflicht wie für schulmedizinische Therapeuten. Die besonderen Pflichten und Rechte sind gesetzlich geregelt.
Die Hauptpflicht des Heilpraktikers ist es, den Patienten mit Untersuchungs- und Behandlungs-methoden zu versorgen, die geeignet sind, sein Leiden zu verbessern. Des weiteren ergibt sich daraus die Sorgfaltspflicht.
Besonders bei invasiven Methoden (z.B. Injektionen) trifft den Heilpraktiker dieselbe Sorgfaltspflicht wie einen Arzt, d.h. er/sie muss die Risiken und Kontraindikationen kennen und die Technik sicher beherrschen.
Die/der Heilpraktiker/in ist in den von ihr/ihm angewandten Fachbereich gesetzlich zur Fortbildung  verpflichtet.
Auch die entsprechenden Hygienemaßnahmen und gegebenenfalls die Überweisung des Patienten, wenn Sie die Behandlung oder weitere Abklärung nicht übernehmen können, gehören zur  Sorgfaltspflicht.

Weitere Nebenpflichten, die sich aus dem Behandlungsvertrag ergeben, sind die Aufklärungspflicht (dem Patienten sind die Diagnose, die Behandlung mit all ihren möglichen Risiken und eventuelle Behandlungsalternativen zu erklären) sowie die Dokumentationspflicht.
Alle Befunde, Maßnahmen und Medikationen sind entsprechend zu dokumentieren.

Schweigepflicht und Patientenrechte
Heilpraktikerinnen und Heilpraktiker unterliegen der Schweigepflicht, sofern nicht besondere gesetzliche Bedingungen und Bestimmungen dagegen sprechen und sie nicht ausdrücklich vom Patienten von dieser entbunden wurden.
Jede Behandlung hat unter Beachtung der Menschenwürde, Wahrung der Persönlichkeit und
der Rechte der Patienten zu erfolgen.